誕生から8年が経過し生産累計台数500万台も間近という好調なセールスを続けていたスーパーカブだが、現状にとどまることなく将来を見据えてより静かでより耐久性を高めたOHCのニューエンジンへのモデルチェンジが敢行された。

　OHCのニューエンジンは、元祖スーパーカブの50ではなく、まずは1964年12月に新たに誕生した63ccモデルであるC65に搭載された。ボディは初代C100系のままエンジンのみリニューアルされるという異例の手法が取られた。

　そして新型エンジンの生産が軌道に乗った1966年、いよいよスーパーカブ50もOHCエンジンでフルモデルチェンジを行なった。

　50は灯火類の大型化、各部材質、工法の変更などが行なわれイメージを一新した新設計のニューボディで登場、OHVの旧エンジンに比べ最高出力0.3ps、最大トルク0.04kg-m、最高速度5km/hの向上も果たし、新世代のスーパーカブを強くアピールした。

　先行していたC65も同時に車体を一新、9月にはC90もニューデザインボディとなり、第二世代のスーパーカブが出揃った。

　生産ラインを極力変更することなく大量生産が出来るようOHCのニューエンジンとOHVの旧エンジンはマウント位置などが同寸で設計されていた。C65とC90が行なったエンジンのみ先行し車体は後に新型にスイッチするという方法は一見二度手間にも見えるが、一番需要の大きな50の為の予行の意味合いもあったのかもしれない。大ヒット商品であり、絶対に失敗できないリニューアルを当時の生産キャパを最大公約数で生かしつつ無事完了したのは、技術屋ホンダらしい根回しの賜であった。

　この新型スーパーカブは、スポーツカーS600と同形状のウインカーで、先が尖った形状から「おっぱいカブ」の愛称でも呼ばれている。

　スーパーカブシリーズでOHCエンジンを初めて搭載したのはC65。C100系の旧ボディは、50のモデルチェンジと同時にニューボディにモデルチェンジ。

　1966年1月にOHCエンジンになったスーパーカブC90。シリーズ最後にニューボディに変更された。旧ボディ+OHCは8ヶ月という短命だった。

　レッグシールドを廃し、国内二輪車初の副変速機（レバーで切り替えるロー・ハイの2段）、アップマフラー、パイプハンドルを装着したトレールモデル。一般的に「ハンターカブ」と呼ばれることが多いが、このCT50にはハンターカブの名称は付けられていない。写真右上の雑誌用広告にもハンターカブの名称は出ていない。

　先行して90がヘッドライトの下に大きなポジションランプを新設した通称「行灯カブ」にモデルチェンジ。独立したポジションランプは二輪車としては初の装備だった。他にも停止時メインスイッチをオフにしてホーンボタンを押すと左ウインカーランプ、サイドカバーに増設されたキー穴を照らすランプが点灯するキイライトも新たに装備された。

　C90に続きC50もポジションランプ付にモデルチェンジ。C70はC65のボアアップ版のニューモデルでC65は発展的解消を遂げた。セル付のC50M(67,000円）とC70M(73,000円）も同時発売。

　シート下のタンク部分が一体プレス構造になったニューボディで、フロントフェンダーとレッグシールドはやや小型になり、クランクケースに冷却用エアダクトが入ったバリエーションモデルのデラックスが新たに追加された。

　ハンドルはややガル形状で正面から見るとかもめが飛んでいる姿に見えることから「かもめハンドル」の愛称で呼ばれた。

　このモデルからメインキーがサイドカバー部分からハンドル下のレッグシールド左側に移動し、前後どちらのブレーキを使ってもストップランプが点灯するようになった。

　50DX(68,000円）、70DX(74,000円）、90DX(84,000円)とセル付のM-DX(各7,000円高）の他に、50と70にはロングシート（50は二人乗り不可のためセミロングシート）+リアキャリア付のDX-Ⅱ（各1,000円高。セル付もあり）もラインナップされた。しかしDX-Ⅱの国内モデルは短命に終わっている。

　なお写真左のゴールドカラーで花柄シートのスーパーカブ50DXは、市販モデルではなく鈴鹿製作所二輪車生産1.000万台達成を記念したスペシャル仕様。

　当時の郵政省の依頼により、ホンダとの共同開発で誕生した郵便配達専用モデル。倒立タイプに見えるフロントフォークは正立のテレスコピックで、ハンドルはパイプのアップタイプ。フロントキャリアには配達用鞄をセットするアタッチメント付。フレームはタンク別体式で剛性をアップ。ホイールは前後共14インチの小径など現場の意見を反映して作られた。90、70も存在する。ちなみにMDとは「MAIL　DELIVERY」の頭文字で、払い下げられたMDは人気が高かった。

　日本新聞協会、新聞配達省力化委員会の協力、要請で開発された新聞配達専用車。早朝や薄暮、雨天でも視認性の高いブライトイエローのボディカラーでミッションは１速から２速へ１モーションで変速できる自動遠心３段、大型リアキャリアや接地面の大きなサイドスタンドを備えた。写真の布製バッグはオプションでサイドバックを装着するためリアウインカーは後部に移設されている。50（86,000円）、70（95,000円）、90（105,000円）のセル付が設定された。