上級モデルZRX1100と同等の装備でエンジン、足周りを改良。エンジンはK-TRIC(カワサキ・スロットル・レスポンシブ・イグニション・コントロール）を採用し、安定したパワーと俊敏なレスポンスを実現した。マフラーは一体式からアルミサイレンサー別体タイプとなり、ブレーキはクラス初となる6ポッドキャリパーをフロントに装備、ラジアルタイヤも新たに採用された。しかしなんといっても一番の話題は、待望のライムグリーンが登場したことだろう。ZRXⅡの車体色は、継続のキャンディパーシモンレッドとメタリックミッドナイトパープルの2色に。

　いたずら抑止のため強化型メインスイッチの採用と、ターンシグナルインジケーターの色が橙から緑に変更された。ZRXの車体色はイメージカラーとして定着したライムグリーンは継続、シルバーはZ1100GPを彷彿とさせる新色のファイアクラッカーレッドに変更された。ZRXⅡは、キャンディパーシモンレッド、メタリックミッドナイトパープルの継続。共に主要諸元、価格は変更なし。

　ファイアクラッカーレッドが黒系のエボニーに変更。ライムグリーンは変更なく継続。ZRXⅡはこれまではストライプのない単色だったが、Z1000MKⅡやZ750FXを彷彿とさせる子持ちストライプの新グラフィックに一新。共に主要諸元、価格共に変更なし。

　排出ガス規制に対応するため、KCA(カワサキ・クリーン・エア）とパイプ触媒を組み合わせたKLEEN(カワサキ・ロウ・エキゾースト・エミッション・システム）を新たに搭載し、サイドカバーにKLEENロゴが入れられた。ZRXの車体色はライムグリーンは継続で、エボニーに代わってZRX1100と同様のキャンディライトニングブルーが登場した。ZRXⅡは継続のメタリックノクターンブルーに、新色のメタリックセレストシルバーを加えて2色のラインアップとなった。

　2002年の暮れに発売された2003年モデルは、騒音規制対策のため4速のギア比が1.380から1.375に変更された。ZRXの車体色は永らく変更のなかったライムグリーンのストライプがブラックに変更され、キャンディライトニングブルーはゴールドホイールのパールミスティックブラックへと一新された。ZRXⅡは、ZRXと同カラーの子持ちラインのないパールミスティックブラックが登場。メタリックノクターンブルーは継続。共に変速比以外の主要諸元と価格に変更なし。

　盗難抑止対策のためイモビライザーを標準装備し、サイレンサーも新形状となった。グラフィックもセンターにラインの入るタイプへと変更された。ZRXの車体色は艶のあるキャンディライムグリーンと、さわやかなパールクリスタルホワイト。ZRXⅡは、継続のメタリックノクターンブルーと、赤い子持ちラインとなったエボニー。

　カワサキの正規取扱店ARKのみで販売された、専用色のライムグリーンにBEETのチタン製サイレンサーを装着した100台の限定車。673000円。

　防風効果と足着き性向上（シート高780mm→770mm)のため、ビキニカウルとシート形状を変更した他、メーターボディーの変更、アルミハンドルの装着、フロントフォークアウターチューブを黒からシルバーに、フレーム塗装もストイックブラックへと細部を変更した。グラフィックも大幅に変更されイメージチェンジ。ZRXⅡも同様に足着き性向上のためにシートの形状、フロントフォークアウターチューブはシルバー、フレームはストイックブラック、ハンドルはアルミに変更すると共に、マルチリフレクターヘッドライトを新たに採用し、グラフィックもZRXと同タイプとなった。

　当時参戦していたMotoGPマシンNinja ZX-RRをモチーフとしたニューグラフィックのライムグリーンと、キャンディプラズマブルーにカラー変更。ZRXⅡはメタリックノクターンブルーに代わって新グラフィックとなったメタリックオーシャンブルーを採用。エボニーは2005年モデルをそのまま継続。共に主要諸元、価格は変更なし。

　エンジンカバー、スイングアーム、リアショックカバー、フロントフォークアウターチューブなどがブラック化されより精悍なイメージに。車体色もキャンディサンダーブルー、キャンディカーディナルレッドに一新。主要諸元、価格共に変更なし。

　グラフィックを変更。ライムグリーンはホイールがゴールドに。キャンディプラズマブルーはシックな装いのメタリックディアブロブラックへと変更。イメージ的には上級機種であるZRX1200Rと同様の車体色だが、ライムグリーンは青と白のラインの位置が1200は上が白、400は下が白と差別化されている。主要諸元と価格に変更なし。

　ファイアクラッカーレッドが黒系のエボニーに車体色を変更。ライムグリーンはラインカラーを変更し、ホイールもブラックに。ZRXⅡはこれまではストライプのない単色だったが、Z1000MKⅡやZ750FXを彷彿とさせる子持ちストライプの新グラフィックに一新。共に主要諸元、価格共に変更なし。

　3月にキャンディライムグリーンが追加された。ホイールはブラックで、フロントフォークアウターチューブとスイングアームはシルバーとなったこのモデルが、ファイナルエディションの名称は付けられなかったが、ZRXの長い歴史の最後を飾った。ZRXⅡは初となるホワイト系の新色パールクリスタルホワイトが追加された。価格は659048、643810円。※価格は税抜き