フロントブレーキキャリパーの6ポッド化、流行のフロントフォークインナーチューブガードの新設、ガス封入式リアショックユニットとラジアルタイヤの採用や盗難抑止対策としてメインキーの強化などのグレードアップがおこなわれた。国内仕様はこのA12が最終型となり2002年頃までカタログモデルであった。　

　1999年の東京モーターショーに参考出品された、ある意味ショッキングなニューカラーのパールクロームイエローのニューカラーは国内仕様には採用されず、翌年に唯一設定されていたマレーシア仕様として登場。ファイヤークラッカーレッド×メタリックグレーストーンはA12から変更なく継続された。

　イエローカラーは革新的すぎて不評だったのか、一転して先祖返りするかのような定番カラーに変更された。マレーシア仕様のみが生産された。

　排出ガスを浄化するため二次空気を導入するKCA(カワサキ・クリーン・エアシステム)を追加。それ以外はA14と同一で、外観上の変化がないためか公式写真は撮影されなかったようで写真がない。

　登場から基本設計が変わらず厳しくなる一方の騒音規制や排出ガス規制への対応が困難になり、ついにA16でピリオドを打った。最終型のカラーは初代A1イメージで復刻され引退に華を添えた。一部モデルにはFinal Editionのスペシャルエンブレムも取り付けられた。実用車やシングルではなく、市販車世界最速として登場したフラッグシップモデルが、大幅な変更を受けることなくこれほど長きに渡り生産され続けたことは、世界的に見ても大変希な出来事であると言えよう。それだけ多くの人に愛され続けた証である。
　初代GPZ900R/ニンジャは、長い歴史を終えて表舞台から退いたが、切り拓いた「Ninja」ブランドは今日まで脈々と受け継がれている。